R Packages that start with:
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Functions
- add_column_to_dataframe()
- archipelagos41()
- archipelago_data()
- are_area_pars()
- are_hyper_pars()
- are_max_rates()
- are_max_rates_gt_rates()
- are_rates()
- are_trait_pars()
- Bats_GreaterAntilles()
- Biwa_datalist()
- calc_Abeta()
- calc_next_timeval()
- calc_next_timeval_shift()
- calc_peak()
- countspecies()
- create_area_pars()
- create_CS_version()
- create_full_CS_stt()
- create_hyper_pars()
- create_pars()
- create_trait_pars()
- DAISIE-package()
- DAISIE_abm_factor()
- DAISIE_calc_sumstats_pcrates()
- DAISIE_convertprobdist()
- DAISIE_convert_to_classic_plot()
- DAISIE_create_island()
- DAISIE_CS_max_steps()
- DAISIE_dataprep()
- DAISIE_ExpEIN()
- DAISIE_extract_stt_median()
- DAISIE_format_CS()
- DAISIE_format_CS_full_stt()
- DAISIE_format_CS_sampled_stt()
- DAISIE_format_GW()
- DAISIE_format_IW()
- DAISIE_format_IW_full_stt()
- DAISIE_format_IW_sampled_stt()
- DAISIE_IC()
- DAISIE_IW_num_threads()
- DAISIE_loglik_CS()
- DAISIE_loglik_integrand()
- DAISIE_loglik_integrate()
- DAISIE_loglik_IW()
- DAISIE_make_archipelago()
- DAISIE_make_global()
- DAISIE_margprobdist()
- DAISIE_ML()
- DAISIE_ML1()
- DAISIE_ML2()
- DAISIE_ML4()
- DAISIE_ML_IW()
- DAISIE_MW_ML()
- DAISIE_nonoceanic_spec()
- DAISIE_numcol()
- daisie_odeint_cs()
- daisie_odeint_iw()
- DAISIE_ONEcolonist()
- DAISIE_plot_age_diversity()
- DAISIE_plot_area()
- DAISIE_plot_cladogenesis()
- DAISIE_plot_comparison_stts()
- DAISIE_plot_extinction()
- DAISIE_plot_immigration()
- DAISIE_plot_input()
- DAISIE_plot_island()
- DAISIE_plot_pc_rates()
- DAISIE_plot_sims()
- DAISIE_plot_stt()
- DAISIE_probdist()
- DAISIE_sample_event_cr()
- DAISIE_sample_event_time_dep()
- DAISIE_sample_event_trait_dep()
- DAISIE_sim()
- DAISIE_sim_core_cr()
- DAISIE_sim_core_cr_shift()
- DAISIE_sim_core_time_dep()
- DAISIE_sim_core_trait_dep()
- DAISIE_sim_cr_cs()
- DAISIE_sim_cr_gw()
- DAISIE_sim_cr_iw()
- DAISIE_sim_cr_shift()
- DAISIE_sim_min_type2()
- DAISIE_sim_MW()
- DAISIE_sim_relaxed_rate()
- DAISIE_sim_time_dep()
- DAISIE_sim_time_dep_cs()
- DAISIE_sim_time_dep_gw()
- DAISIE_sim_time_dep_iw()
- DAISIE_sim_trait_dep()
- DAISIE_sim_update_state_cr()
- DAISIE_sim_update_state_time_dep()
- DAISIE_sim_update_state_trait_dep()
- DAISIE_SR_loglik_CS()
- DAISIE_SR_ML()
- DAISIE_SR_sim()
- DAISIE_SR_sim_core()
- default_params_doc()
- frogs_datalist()
- frogs_datatable()
- Galapagos_datalist()
- Galapagos_datalist_2types()
- Galapagos_datatable()
- get_ana_rate()
- get_clado_rate()
- get_clado_rate_per_capita()
- get_ext_rate()
- get_ext_rate_per_capita()
- get_global_max_area()
- get_global_min_area()
- get_immig_rate()
- get_immig_rate_per_capita()
- get_trans_rate()
- integral_peak()
- islands_1type_1000reps()
- islands_2types_1000reps()
- islands_10reps_RAW()
- island_area()
- island_area_vector()
- is_island_ontogeny_input()
- is_sea_level_input()
- is_simulation_outputs()
- Macaronesia_datalist()
- NewZealand_birds_datalist()
- remove_empty_elements()
- rho()
- sample_relaxed_rate()
- stac_table()
- transform_gamma_pars()
- translate_island_ontogeny()
- translate_sea_level()
- update_max_rates()
- update_rates()
R Codes
- create_pars.R
- DAISIE-package.R
- DAISIE_check_format.R
- DAISIE_create_island.R
- DAISIE_data.R
- DAISIE_dataprep.R
- DAISIE_ExpEIN.R
- DAISIE_extract_stt_median.R
- DAISIE_format_CS.R
- DAISIE_format_CS_full_stt.R
- DAISIE_format_CS_sampled_stt.R
- DAISIE_format_CS_trait.R
- DAISIE_format_GW.R
- DAISIE_format_IW.R
- DAISIE_format_IW_full_stt.R
- DAISIE_format_IW_sampled_stt.R
- DAISIE_IC.R
- DAISIE_loglik_CS.R
- DAISIE_loglik_CS_time.R
- DAISIE_loglik_high_lambda.R
- DAISIE_loglik_integrate.R
- DAISIE_loglik_IW.R
- DAISIE_loglik_IW0.R
- DAISIE_make_archipelago.R
- DAISIE_max_rates.R
- DAISIE_ML1.R
- DAISIE_ML2.R
- DAISIE_ML4.R
- DAISIE_ML_CS.R
- DAISIE_ML_IW.R
- DAISIE_MW_ML.R
- DAISIE_ONEcolonist.R
- DAISIE_PEI.R
- DAISIE_plot_age_diversity.R
- DAISIE_plot_comparison_stts.R
- DAISIE_plot_input.R
- DAISIE_plot_island.R
- DAISIE_plot_params.R
- DAISIE_plot_pc_rates.R
- DAISIE_plot_sims.R
- DAISIE_plot_stt.R
- DAISIE_rates.R
- DAISIE_sample_event_cr.R
- DAISIE_sample_event_time_dep.R
- DAISIE_sample_event_trait_dep.R
- DAISIE_sim_core_cr.R
- DAISIE_sim_core_cr_shift.R
- DAISIE_sim_core_time_dep.R
- DAISIE_sim_core_trait_dep.R
- DAISIE_sim_cr.R
- DAISIE_sim_cr_cs.R
- DAISIE_sim_cr_gw.R
- DAISIE_sim_cr_iw.R
- DAISIE_sim_cr_shift.R
- DAISIE_sim_min_type2.R
- DAISIE_sim_MW.R
- DAISIE_sim_relaxed_rate.R
- DAISIE_sim_time_dep.R
- DAISIE_sim_time_dep_cs.R
- DAISIE_sim_time_dep_gw.R
- DAISIE_sim_time_dep_iw.R
- DAISIE_sim_trait_dep.R
- DAISIE_sim_update_state_cr.R
- DAISIE_sim_update_state_time_dep.R
- DAISIE_sim_update_state_trait_dep.R
- DAISIE_SR_loglik_CS.R
- DAISIE_SR_ML_CS.R
- DAISIE_SR_sim.R
- DAISIE_SR_sim_core.R
- DAISIE_sumstats_rates.R
- DAISIE_utils.R
- default_params_doc.R
- RcppExports.R
- remove_empty_elements.R
Selected R package: DAISIE
Click on the specific functions, references or examples using the links on the left
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